Die Architektur des Microsoft SQL Server erlaubt den Betrieb und die Verwaltung einer oder mehrerer verschiedener Datenbanken mit nur einem Server-Prozess (Win32 Service). So können mit nur einem SQL Server die Daten verschiedener Anwendungen oder Geschäftsbereiche leicht separiert und verwaltet werden.
Jede Datenbank besteht aus Datendateien und Transaktionslog-Dateien, die in sogenannten Dateigruppen zusammengefasst werden. Unabhängig von den Benutzer- oder Anwendungsdatenbanken, in denen die eigentlichen Nutz- bzw. Anwendungsdaten gespeichert werden, benötigt der Microsoft SQL Server vier sogenannte Systemdatenbanken zur Verwaltung interner Systeminformationen und -parameter.
Der SQL Server verwaltet alle Client-Sessions, Anfragen und Memory-Puffer zentral.
Auf entsprechend großen und schnellen Server-Systemen können mehrere, komplett unabhängige Microsoft SQL Server 2000 Instanzen betrieben werden.
Alle obigen Objekte müssen permanent überwacht und analysiert werden, um deren Verfügbarkeit und Performance garantieren zu können.